Au début de l’année 2004, la Faculté des Sciences de la Santé de l’UNIFA comportait 247 étudiants en médecine. Une Ecole des Infirmières devait s’ouvrir à la rentrée universitaire d’octobre. Le coup d’Etat du 29 février 2004 allait malheureusement mettre fin à la première phase de cet apprentissage collectif. Le campus a été pillé et tous les équipements volés. En mars 2004, les forces armées étrangères ont pris le contrôle du site qu’ils ont transformé en campement militaire. La Fondation n’a pu reprendre possession du campus qu’en l’année 2007.Entretemps, la majorité des 247 étudiants expulsés de leur lieu de formation a été accueillie à Cuba, en vue de poursuivre leurs études. Et le 2 août 2008, 123 étudiants de la première promotion (2001-2008), ont pu obtenir leur diplôme de médecin. Une délégation composée du Dr. Maryse Narcisse, de M. Toussaint Hilaire, de M. Max Buteau et de M. Fritz Dorziair s’était rendue à Cuba pour assister à la cérémonie de leur graduation.

Au début de l’année 2009, l’UNIFA a créé un Institut de sciences informatiques et un Institut de langues où des cours d’espagnol sont dispensés par des professeurs cubains. En attendant la réouverture de la Faculté de médecine qui ne pouvait encore avoir lieu faute de moyens financiers, les cours d’informatique et de langues constituaient déjà une première réponse à la forte demande des jeunes bacheliers à la recherche de débouchés. Des milliers de jeunes désireux de se former s’étaient, au premier jour des inscriptions, présentés à l’UNIFA. Trois cents ont été acceptés. Ils étaient tous là, le 12 janvier 2010, lors du tremblement de terre, suivant leurs cours à la Faculté de Médecine. Le séisme a porté l’UNIFA à suspendre les cours de langues et d’informatique pendant trois mois. En avril 2010, reprenaient en plein air, les cours d’espagnol.

Le programme d’études de l’Institut des langues est d’une durée d’un an. Après l’accomplissement de ce cycle, les étudiants reçoivent un certificat. Ainsi, en septembre 2010, un nombre de 100 étudiants de la première promotion (2009-2010), a reçu le document certifiant leurs études. Au bout d’une année, ces jeunes avaient appris à parler et écrire couramment l’espagnol.

Au cours de l’été 2010, l’immeuble principal de l’UNIFA qui avait subi quelques dommages au cours du séisme, a été réhabilité. Ces travaux ont permis à l’Institut d’Informatique et des Nouvelles Technologies d’accueillir, le 1e septembre 2010, ses premiers étudiants.